남북조절위원회 제3차 공동위원장 회의가  끝난 후, 양측은 당일로  남북조절위원회 제1차 본회의를 개최하였다. 남북조절위원회 본회의는  3차례에 걸쳐 진행되었는데, 제1차  회의는 서울시내 영빈관에서 1972년 11월 30일과 12월 1일 2차례에  걸쳐 개최되었으나, 양측은 견해 차이를 좁히지 못하였다.

회의에서 이후락 공동위원장은 위원회의 제반 실무기능을 우선적으로 정비하는 한편, 대화의 원만한 진행을 가능하게 하기 위하여 먼저 제도와 이념의 차이로 인한 마찰 및 저항  요인이 비교적 적은 비정치·비군사 분야에서 시작하여 실적을 축적시키고, 이를 통하여 이루어지는 이해와 신뢰의 증진을 바탕으로 정치·군사분야의 문제로 옮겨갈 것을 제의하였다.

이에 대해 북한측의 박성철은「공동성명이 나온 이상 남북은 서로를 신임해야 한다」고 강조하면서, 쌍방은 우선적으로 군사대표자회담을  열어 남북간 군사적  대치상태 해소방안에 합의하고, 정치·군사·외교·경제·문화 등 5개 분과위원회를 일괄 발족시키자고 주장하였다.
 
제1차 회의가 종료된 뒤 쌍방은 공동발표를 통해 ① 금번 회의에서 쌍방간에는 각 분야에서 교류를 실시하고 힘을 합쳐 같이 사업하는 데 대한 의견교환이 있었으며 ② 남북조절위원회의 실무기능을 조속히 완비하기 위해 단시일  내에 간사회의를 구성하고, 공동사무국을 설치하며 필요한 운영 세칙을 마련하기로 합의했다고 밝혔다.

제2차 본회의는 1973년 3월 14일 평양에서 개최되었다.

회의에서 한국측은 제1차 회의 때와 마찬가지로 남북조절위원회의 성공적인 운영을 위해서는 위원회의 실무기능을 정비하는 것이 급선무임을 지적하면서, 우선 ① 남북조절위원회 운영세칙·간사회의 운영세칙·공동사무국 설치 규정 등을 조속히 제정하고 ② 판문점 공동경비구역내에 남북조절위원회 건물을 남북이 함께 건립할 것을 제의하였다.

그러나 북한측의 박성철은 ① 남북은 무력증강과 군비경쟁을 그만 두고 ② 군대를 각기 10만 또는 그 이하로 줄이고 군비를 대폭 축소하며 ③ 외국으로부터 일체의 무기와 작전 장비 및 군수물자의 반입을 중지하고 ④ 미군을 포함한 일체의 외국군대를 철거시키며 ⑤ 이상의 문제를 해결하고, 남북간에 서로 무력행사를 하지 않을 것을 보장하는 남북간의 평화협정을 체결하자는 등 5개항의 군사 문제를 제기하였다. 이  문제를 다루기 위해 남북조절위원회를 개편, 쌍방의 군간부를 여기에 참가시키든가 아니면 군사분과위원회를 우선적으로 구성하자고 주장하였다.

이와 함께「남북정당·사회단체 연석회의」를 개최하자는 새로운 주장을 내
놓았다. 이같은 쌍방간의 견해 차이로 제2차 남북조절위원회  본회의는 공동발표도 없이 끝마쳤다. 
 
제3차 본회의는 1973년 6월 12일과 6월 13일 2차례에 걸쳐 서울에서 개최되었다.

이 회의에서도 북한측은 ① 군사 5개항목  제안의 우선 토의 ② 남북조절위원회와  별도로「남북정당·사회단체 연석회의」개최 ③ 남북조절위원회 5개 분과위원회의 일괄 동시 설치를 거듭 주장하였다.

이에 대해 이후락 공동위원장은 남북조절위원회 및 그 산하기구의 운영세칙이 아직 마련되지 않고 공동사무국의 설치가 지연되고 있는 점을 들어 이에 대한 북한측의 성의있는 태도 변화를 촉구하였다. 또한 북한측이 상호 비방행위 중지에 관한  합의가 발효된 1972년 11월 11일 이후에도 한국측에 대한 각종 비방행위는  물론 간첩 남파를 계속하고 있다는  사실을 지적, 이의 중지를 요구하는 한편, 남북조잘위원회 5개 분과위원회 중 경제와 사회문화 분과위원회를 우선 설치할 것을 제의하였다.

이와 같이 3차례에 걸쳐 진행된 남북조절위원회 본회의도 쌍방간의 입장차이를 좁히지  못하고 아무런 성과없이 종료되고 말았다.